大戦のさなか、本土から疎開する少年少女たちの乗っていた飛行機が攻撃をうけ、孤島に不時着した。乗っていた飛行機が墜落した場所は無人島『蠅島』。 平和な秩序だった生活を送るが、しだいに、心に巣食う獣性にめざめ、激しい内部対立から殺伐で陰惨な闘争へと駆りたてられてゆく……。