遺産相続についての話し合いのため、久しぶりに集まった家族。その日話し合いが持たれる前に、父が何者かに殺されてしまった。この家には一郎、二郎、三郎の三人しかいない。この中の誰かが父を殺したのだ。警察の到着まであと10分。犯人はいったい誰なのだろうか。

とあるテレビ局の撮影クルーが人里離れた山奥にひっそりと佇む西洋風の館を訪れる。かつてこの地は大勢の村人が不審な死を遂げたと噂されている「呪いの館」と呼ばれる場所だった……。

ある事件をきっかけに、ウルトラセブンを失った地球は侵略者たちの猛攻を前に苦戦を強いられることになった。そこで、とある天才博士が当時の地球防衛組織であった「ウルトラ警備隊」を元に、「対外宇宙防衛機構（AssociationforLandTerritories&ExtraterrestrialResilience）」通称「アルター（ALTER）」を結成、仲間たちを率いて侵略者の脅威に立ち向かった。そんなある日、アルターの基地内に緊急警報が鳴り響く。……今、55年前の未来をめぐる物語が幕を開ける。