時は幕末。尾張名古屋の近くに位置する七尾村では、新成人を迎える巫女の成人の儀に合わせて祝典が行われていた。事件は祝典の5日目に起きる。しきたりによれば、巫女はこれから3日間一人で部屋にこもり、妖狐の庇護の下で子孫を孕むため祈祷を行わなければならない。しかしこの日の夜、七尾村の村長が川辺に浮かんだ小舟の上で死亡しているのが発見された。そして、村長を殺したのは、どうやらこの村を数百年に渡って守ってきた妖狐らしいのだ……。

この物語は、不思議の国・ワンダーランドが舞台だ。ファンタジックで奇妙な童話のような世界である。そして、このワンダーランドには、異世界から一人の少女がやってきたことによって変化が生じ始める。いつもと同じはずの朝、赤の女王の処刑場から騒がしい声が聞こえてくる。処刑場では、アリスという名の異世界の少女が兵士たちによって処刑台へ連行されていた。アリスは間もなく、斬首という残忍な刑を受けるのだ。​その罪状は――赤の女王の殺害であった。